沼氣的凈化一般應包括沼氣的脫水、脫硫及脫二氧化碳。沼氣中的水分與硫化氫共同作用，能加速管道及閥門、流量計等的腐蝕，所以在進行沼氣脫硫時，需要同時進行脫水處理。
沼氣脫硫塔工作原理：
含塵含水的氣體切向進入沼沼氣脫硫塔的入口，在分離器內壁產生高速螺旋氣流，利用離心力將冷凝水和固體顆粒分離沉積到汽水分離器的底部，分離后的冷凝水通過疏水閥排出。出氣口裝有高精度除沫器，進一步除塵除水。除沫器用于分離塔中氣體夾帶的液滴，以保證傳質效率，降低有價值的物料和改善塔后壓縮機的操作，降低含水量，延長壓縮機的壽命，一般多在沼氣脫硫塔設置除沫器，可有效去除3-5μm的霧滴，塔盤間若設置除沫器，沼氣凈化裝置不僅可保證塔盤的傳質效率，還可以減少板間距，所以絲網除沫器主要用于氣液分離，污水沼氣凈化也可在空氣過濾器上用于氣體分離。